啊，自己摸索着居然解决了……
不知道有没有人未来会遇到和我相同的问题，在这里po一下我的解决方案……
把截图存档脚本里第346行改成    super(0, fitting_height(1))；然后第396行改成    super(160, fitting_height(1), Graphics.width-160, Graphics.height-fitting_height(1))；最后再删去第541和第542行就可以了
我在检查脚本的时候发现它的思路是先在创建窗口的时候都令y=0，最后生成场景的时候又把y下调来留出帮助窗口的位置，而菜单指针读取的依然还是原先的y值，导致出现了错位。修改思路也是从这里入手，直接把fitting_height(1)插入一开始的窗口设定，避免了后期再次调动。
好像不能在回复里带图，我加到主贴里吧（