家具摆放系统其实没那么难，站内很多游戏都有类似的系统，不一定需要全脚本。
纯事件或者事件配合少量脚本都是可以实现的，个人认为的话还是事件配脚本的方案最好。

家具建议还是用事件来表示的，可以通过事件页和开关配合实现摆放前不显示摆放后显示与可互动。

不用记忆事件坐标的脚本也可以，直接在变量里储存摆放后的坐标，然后每次玩家进入地图时用并行处理的事件更改家具（事件）坐标即可。
如果有同样家具能摆放多个，例如一种台灯能多次获得并能同时摆放多个，那可能要用复制事件的脚本比较方便。不过整体处理起来也还是比不能的情况更麻烦。

墙纸和地板如回复所说可以用ULDS。这里建议也可以考虑多远景图来表示墙纸跟地板，曾经见过有用远景图来表示墙壁并可进行更换的游戏，图块方面直接透明图像外加通行度设定即可

下面是对楼主几个问题的回答：

家具应该用图片、上层元件还是行走图图像表示

建议用事件，也就是行走图图像来表示。
这样顺带还可以直接将家具的功能写在事件里，一般都是这么实现的。

家具通行度问题

同上，在对应的事件直接设定。

遮挡与判定家具格子重复问题

先说遮挡问题，同上，直接在对应事件的优先级里设定，与人物通层、在人物上方、下方什么的。当然有必要的话也可以脚本辅助修改事件（家具）精灵的z坐标。
关于家具格子重复问题，判断事件坐标或者变量记录的坐标是否重复即可

摆放在墙上与地上家具的区分

据楼主的描述，这种规则矩形房间的话，可以直接根据要摆放的坐标判断是放在了墙上还是地上，再判断要摆放的家具是哪种类型的就可以了。

以上。

总体来说实现难度不大，就是像窗口界面什么的纯事件比较复杂还是适合用脚本处理。

啊另外，楼主要定制脚本的话可以私我啦，不过咱新高三狗没什么时间可能时间得往后拖就是了_(:з」∠)_ 【被打

类似的脚本有“地图编辑器”

如果不嫌弃太简陋的话，其实是可以用事件铺满地图的方式实现这个功能的。
一个事件里面有所有家具的事件页，通过对话转换。
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不过我看楼主也用过的，有个复制事件的脚本，有个记忆位置的脚本，这两个其实都可以各自用在这里。

换地板，应该可以用类似ULDS这样的脚本去做的，这样还能自己预设铺好几个风格地板了。

但是想要有好看的选框，酷炫的地板切换演出效果的话，就只能去定制脚本了。感觉楼主对自己的要求应该也不低。